Системот за електрофореза се состои од две главни компоненти: напојување и комора за електрофореза. Напојувањето обезбедува струја. „Моќта“, во овој случај, е струјата. Електричната енергија што доаѓа од напојувањето тече, во една насока, од едниот до другиот крај на комората за електрофореза. Катодата и анодата на комората се она што привлекува спротивно наелектризирани честички.
Внатре во комората за електрофореза, има послужавник - поточно, сад за леење. Фиоката за леење се состои од следниве делови: стаклена плоча која оди во долниот дел на садот за леење. Гелот се држи во садот за леење. Чешелот личи на неговото име. Чешелот се става во жлебови од страната на садот за леење. Се става во отворите ПРЕД да се истури врелиот, стопен гел. Откако гелот ќе се зацврсти, чешелот се вади. „Забите“ на чешелот оставаат мали дупки во гелот што ги нарекуваме „бунари“. Бунарите се прават кога топлиот, стопен гел ќе се зацврсти околу забите на чешелот. Чешелот се извлекува откако гелот се олади, оставајќи бунари. Бунарите обезбедуваат место за ставање на честичките што сакате да ги тестирате. Човек мора да биде многу внимателен да не го наруши гелот при полнење на честичките. Пукањето или кршењето на гелот најверојатно ќе влијае на вашите резултати.