Електрофорезата со гел користи позитивни и негативни полнежи за одвојување на наелектризираните честички.Честичките можат да бидат позитивно наелектризирани, негативно наелектризирани или неутрални.Наелектризираните честички се привлекуваат од спротивни полнежи: Позитивно наелектризираните честички се привлекуваат од негативни полнежи, а негативно наелектризираните честички се привлекуваат од позитивни полнежи.Иако системот за електрофореза може да изгледа многу сложен, тој всушност е прилично едноставен.Некои системи може да бидат малку поинакви;но, сите ги имаат овие две основни компоненти: Комора за напојување и електрофореза.Нудиме и напојување за електрофореза и комора/резервоар за електрофореза.Имаме различен модел на електрофореза по ваш избор.И вертикалната електрофореза и хоризонталната електрофореза се нудат со различни големини на гел што може да се направат како ваш услов за експеримент.